Huécija es el pueblo de perfil más aristócrata y monacal de la comarca, consecuencia de haber sido cabeza y capital de un señorío a lo largo de cuatro siglos. El significado de su topónimo es oscuro como su origen, si es latino o árabe, aunque se constata que en época musulmana era llamado Guacimora, Güecixa y Güécija.
El primer asentamiento cultural de la villa probablemente sea de origen romano, ya que al encontrarse a la vera del Cerro Marchena, donde se instala una villa romana, tuvo que haber un contacto y aprovechamiento de sus recursos naturales.
En época musulmana, durante la Edad Media, la primera mención de la alquería se inscribe dentro de la actividad colonizadora y fundación en el territorio de Urs al-Yaman (nombre de la zona desde Pechina, cuando ésta era el centro urbano más importante, traducido por Urci de los yemeníes o tierra dada a los yemeníes), de asentamientos de poblaciones hacia el año 891.
Posteriormente, cuando Al Ándalus queda reducido al reino nazarí, a partir del siglo XIII, Huécija se integra como uno de los diez lugares que formaban la taha de Marchena, siendo Marchena la fortaleza más importante donde residía el gobernador. A finales del siglo XV, tras la rendición de Baza y las Capitulaciones de Almería en 1489, la taha de Marchena pasa como recompensa a Don Gutiérrez de Cárdenas y Chacón, siguiendo la costumbre de los Reyes Católicos de ceder señoríos a los nobles que participaron en la Reconquista.
Este antiguo y nuevo señorío que se cedió en 1494 al señor de Cárdenas se componía, según el documento de donación, de diez lugares, Zodun (Alsodux), Alhabiati (Alhabia), Terque, Bentarico (Bentarique), Ylar (Illar), Alhama, Estancihun (Instinción), Ragol, Alicún (posiblemente un barrio de Huécija) y Huécija como la capital.
Sólo Huécija y Terque tienen categoría de villas; en la primera residía el gobernador y administrador de los señores de Cárdenas, siendo su hijo Diego de Cárdenas y Enríquez nombrado primer duque de Maqueda. Su madre, doña Teresa Enríquez, es una figura muy peculiar en la comarca, llamada por el Papa Julio II «la loca del sacramento», por su promoción de las procesiones del Corpus y por ser la patrocinadora y encargada de la fundación de conventos e iglesias en esta tierra de mezquitas y alminares.
Cabe destacar el Convento de los Agustinos, por su magnífica torre, única en la comarca. Fundado en 1511, es una construcción de cantería, con una estructura similar a las atalayas, pero de mayor dimensión, la cual se adosaba a otro edificio como refugio defensivo.
El convento fue saqueado en 1568 por los moriscos, siendo la iglesia actual una reconstrucción del siglo XVIII. La iglesia parroquial dedicada a Nuestra Señora de la Encarnación fue construida también en el siglo XVI, en estilo mudéjar, pero es un templo que ha sufrido daños y añadidos posteriores de estilo barroco y neoclásico.
El siglo XVI finaliza con la última rebelión de los moriscos, su derrota y definitiva expulsión, en detrimento de la economía y demografía de Huécija, que no se recuperará hasta el siglo XVIII. El siglo XIX irrumpe con el liberalismo, siendo el hecho más trascendental para la villa la abolición del señorío de Maqueda y Arcos en 1835, factor que determina un nuevo régimen de independencia para el municipio y autonomía para nombrar un alcalde y un regidor en el pueblo.
En su nuevo régimen, Huécija se desarrolla con un aumento poblacional y económico, debido a la riqueza que genera el cultivo de la uva de Ohanes, enlazando con el actual siglo para entrar en una época de dificultades e inestabilidad propias de una guerra civil.
